De modo a estudar a ecologia, o comportamento e os parâmetros naturais de uma população específica de uma determinada espécie torna-se necessário identificar os indivíduos que fazem parte dessa população. A identificação individual permite compreender um pouco melhor certos parâmetros como o tamanho populacional, as rotas migratórias, a residência, as preferências de habitat, a longevidade (esperança de vida) e a estrutura populacional. Os cetáceos possuem no corpo várias marcas e cortes mais ou menos permanentes que podem ser usadas para a sua identificação individual. A técnica de foto – identificação baseia-se neste princípio, e envolve fotografar uma parte do corpo que possa ser considerada única no animal para posterior comparação. Estas partes do corpo usadas para identificação são variáveis consoante as espécies, usando-se por exemplo a barbatana dorsal para os golfinhos e a barbatana caudal para o cachalote ou baleia – de – bossa. A foto – identificação é uma técnica não invasiva e de baixo custo, quando comparada com outras metodologias como a colocação de marcas artificiais para identificar o animal.

Neste projecto, as campanhas de mar para foto – identificação estão concentradas principalmente na costa sul da Madeira, havendo no entanto saídas previstas para as Desertas e Porto Santo. Durante os censos náuticos sistemáticos sempre que uma das espécies alvo seja avistada também se procederá à foto – identificação dos indivíduos.